به کیبورد ربطی نداره.
فرق به اینه که ی رو به دو صورت «ی» پارسی و «ی» عربی که زیرش دو نقطه داره نشون میده.
شما باید توی فایلتون دنبال دستورهایی مثل این باشین:
\lotus...
\zar
\setetxtfont...
اینا برای تغییر فونت هست. باید هر کدومشون که مزاحمه رو حذف کنین.