بسته‌های مختلفی برای درج نویسه‌های عربی (یا فارسی) وجود دارد، ولی بهتر از همه این است که از بسته bidi استفاده کنید. البته فایل شما بسته inputenc را نیز دارد که ظاهرا نمی‌توان آن را با xelatex کامپایل کرد. بنابراین اگر لطمه‌ای به فایل وارد نمی‌شود، فرمان مربوط به آن را کامنت کنید.
در استفاده از بسته bidi هم توجه کنید که باید به عنوان آخرین بسته فراخوانی شود:
\usepackage{fontspec}
\usepackage{bidi}
\newfontfamily\yas[Script=Arabic]{Yas}
\newfontfamily\titr[Script=Arabic]{XB Titre}
\newenvironment{farsi}
{\begin{RTL}}
{\end{RTL}}
همان طور که می‌بینید، در اینجا هم دو فونت را تعریف کرده‌ام و هم محیطی برای فارسی‌نویسی. بدین ترتیب، در متن می‌توانید شبیه این بنویسید:
\newpage
\thispagestyle{empty}
\begin{farsi}\yas
\centering
پایان نامه دکتری\\
{\large \titr
ریاضیات عددی}
\\[2cm]
دانشگاه علم و صنعت ایران
\end{farsi}
فراموش نکنید که سر آخر باید با xelatex آن را اجرا کنید.
