سلام
دستورهایی در انتهای فایل commands شما برای سفارشی سازی ابتدای فصول وجود دارد که متاسفانه به درستی تنظیم نشده‌اند. با حذف آنها این مشکل حل می‌شود.
\makeatletter
\newcommand\mycustomraggedright{%
.....
}}
\makeatother
توصیه میکنم اصل قالب را که به درستی کار کند از دانشگاه خود دریافت کنید تا در ادامه برایتان مشکل ایجاد نشود. بسته‌هایی را که می‌خواهید اضافه کنید در فایل commands اضافه کنید. چند بسته‌ی تکراری نیز در سند شما وجود دارد.
خروجی زیر را نیز دارید:
موفق باشید.
