سلام
بسته tocloft با بسته subfigure تداخل داره.
باید بصورت زیر فراخوانی کنین.
\usepackage[subfigure]{tocloft}
خروجی فایل شما:
ترتیب فراخوانی بسته‌ها در فایل‌تون مشکل داشت.
مثلا بسته bidiftnxtra باید بعد از بسته زی‌پرشین فراخوانی بشه.
و بسته hyperref جزو آخرین بسته‌ها باشه بهتره.
بیزحمت در سوالات بعدی‌تون وقتی فایل نمونه ارسال می‌کنین، بسته‌هایی که مرتبط با سوال نیست را در فایل قرار ندین.
جدول و شکلی هم که در فایل‌تون بود خطا داشت.
این دو مورد رو همکاری کنین، به جای صرف وقت برای این موارد، مستقیم به پرسش شما وقت می‌ذاریم و پاسخ میدیم.
ممنون برای همکاری
فایل شما بعد از اصلاحات فوق:
\documentclass[a4paper,10pt,oneside,openany,fleqn]{book}
\usepackage[left=2.5cm,right=3.5cm, top=3cm,bottom=2cm]{geometry}
\usepackage{extsizes}
\usepackage{fontspec}
\usepackage{amsmath,amsfonts,amssymb,amscd}
\usepackage{wasysym}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{rotating}
\usepackage[font={small}]{caption}
\usepackage{breqn}
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage{paralist}
\usepackage{titlesec}
\usepackage{ptext}
\usepackage{titletoc}
%\usepackage{tocloft}
\usepackage[subfigure]{tocloft}
\usepackage[nottoc,notlof,notlot]{tocbibind}
\usepackage{notoccite}
\usepackage{cite}
\usepackage{subfigure}
\renewcommand{\baselinestretch}{1.8}
\usepackage{zref-perpage}
\zmakeperpage{footnote}
%%%%%%%%%%%%%%%%------------------------
\usepackage{etoolbox}
\patchcmd{\chapter}{plain}{empty}{}{}
\usepackage{hyperref}
%%%%%%%%%%%%%%%%%------------------------
\usepackage[extrafootnotefeatures]{xepersian}
\usepackage{bidiftnxtra}
\settextfont[Scale=1.4]{B Nazanin}
\defpersianfont\nast{IranNastaliq}
\defpersianfont\titr{B Titr}
\setdigitfont[Scale=1.2]{Yas}
\setlatintextfont[Scale=1.2]{Times New Roman}
\DeclareMathAlphabet\mathnew{OML}{zplm}{m}{it}
\normalfootnotes
\begin{document}
\renewcommand{\listfigurename}{فهرست شکل‌ها}
\renewcommand{\listtablename}{فهرست جدول‌ها}
\addtocontents{toc}{\textbf{عنوان}~\hfill\textbf{صفحه}\par\rule{\linewidth}{1pt}\par}
\addtocontents{lof}{\textbf{عنوان}~\hfill\textbf{صفحه}\par\rule{\linewidth}{1pt}\par}
\addtocontents{lot}{\textbf{عنوان}~\hfill\textbf{صفحه}\par\rule{\linewidth}{1pt}\par}
\renewcommand{\cfttoctitlefont}{\hspace*{\fill}\Huge\bfseries}
\renewcommand{\cftaftertoctitle}{\hspace*{\fill}}
\renewcommand{\cftlottitlefont}{\hspace*{\fill}\Huge\bfseries}
\renewcommand{\cftafterlottitle}{\hspace*{\fill}}
\renewcommand{\cftloftitlefont}{\hspace*{\fill}\Huge\bfseries}
\renewcommand{\cftafterloftitle}{\hspace*{\fill}}
\tableofcontents
\newpage
\listoffigures
\newpage
\listoftables
\newpage
\chapter{عنوان فصل}
\section{بخش}
ترد استفاده‌ی ستاره‌شناسان و افراد بیناب‌نگار بود. پس از آن، در دهه‌های ۱۹۸۰ و ۱۹۹۰ به دنبال توسعه‌ی
\begin{figure}[h!t]
\begin{center}
\subfigure[]{\includegraphics[width=3cm,height=3.5cm]{cloak.jpg}\label{c2f26a}}
\subfigure[]{\includegraphics[width=3cm,height=3.5cm]{cloak.jpg}\label{c2f26b}}
\end{center}
\caption{نمایی از \subref{c2f26a} همان‌طور که مشخص است، \subref{c2f26b} ساختار چندلایه‌ای}
\end{figure}
به خط عمود تابیده شد
\begin{table}[t!]
\begin{center}
\begin{tabular}{|c||c||c|}
\hline
\textbf{نماد}&\textbf{ توالی دو-مورس}&\textbf{تعداد لایه‌ها}\\
\hline
\hline
$S_0$ & $A$ & $1$\\
\hline
$S_1$ & $AB$ & $1$\\
\hline
$S_2$ & $ABBA$ & $2$\\
\hline
$S_3$ & $ABBABAAB$ & $3$\\
\hline
$S_4$ & $ABBABAABBAABABBA$ & $5$\\
\hline
$S_5$ & $ABBABAABBAABABBABAABABBAABBABAAB$ & $8$\\
\hline
$S_6$ & \parbox[c]{9cm}{$\\ABBABAABBAABABBABAABABBAABBABAAB\\
BAABABBAABBABAABABBABAABBAABABBA\\$} & $13$\\
\hline
$S_7$ & \parbox[c]{9cm}{$\\ABBABAABBAABABBABAABABBAABBABAAB\\
BAABABBAABBABAABABBABAABBAABABBA\\
BAABABBAABBABAABABBABAABBAABABBA\\
ABBABAABBAABABBABAABABBAABBABAAB\\$} & $21$\\
\hline
\end{tabular}
\end{center}
\caption{توضیح جدول}
\end{table}
\end{document}
موفقتر باشین.
