سلام
استفاده از امکانات بسته‌ی enumitem مشکل شما حل خواهد شد. تراز از راست این محیط به درستی انجام نشده است و آپشن align=left در \setlist و به صورت زیر مشکل شما را حل می‌کند:
\setlist[test]{resume,leftmargin=*,label=سوال \arabic*.,align=left
}
دستورات شما به صورت زیر است:
\documentclass{book}
\usepackage{amsmath,enumitem}
%%%%%%%%%%%%%%%
\usepackage{ptext}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{HM XNiloofar}
\newlist{test}{enumerate}{1}
%\setlist[test]{resume,leftmargin=15mm,label=سوال \arabic*.}
\setlist[test]{resume,leftmargin=*,label=سوال \arabic*.,align=left
}
\begin{document}
\chapter{فصل اول}
\ptext{1}
\begin{test}
\item سوال 1
\item سوال 2
\end{test}
\begin{test}
\setcounter{testi}{554}
\item سوال 1
\item سوال 2
\end{test}
\end{document}
خروجی شما با تکلایو 2018 به صورت زیر است:
موفق باشید.
