سلام
این مورد به ویژگی‌های فونت انتخابی شما برمی‌گردد و بهتر است تغییر ندهید. اگر اصرار به تغییر آن در عنوان بخش‌ها دارید از جعبه‌ی \raisebox می‌توانید به صورت زیر این کار را انجام دهید:
\documentclass[a4paper,11pt]{report}
\input{Preamble}
\begin{document}
\chapter{مقدمه و کلیات}
\thispagestyle{empty}
\newpage
\SepMark{\raisebox{.5mm}{-}}
\section{نمونه}
\subsection{نمونۀ دیگر}
\subsection{نمونۀ دیگر}
\lr{Hellow}
\end{document}
خروجی زیر را دارید:
ویرایش دوم در راستای خواسته‌ی شما در قسمت نظرات:
\documentclass[a4paper,11pt]{report}
\usepackage[pagebackref=false,colorlinks,linkcolor=magenta,citecolor=magenta]{hyperref}
\input{Preamble}
\SepMark{-}
\setcounter{tocdepth}{4}
\setcounter{secnumdepth}{4}
\begin{document}
\chapter{مقدمه و کلیات}
\thispagestyle{empty}
\newpage
\newcommand{\msection}[1]{\SepMark{\raisebox{.3mm}{-}}\section{#1}\SepMark{-}}
\newcommand{\msubsection}[1]{\SepMark{\raisebox{.3mm}{-}}\subsection{#1}\SepMark{-}}
\newcommand{\msubsubsection}[1]{\SepMark{\raisebox{.3mm}{-}}\subsubsection{#1}\SepMark{-}}
\msection{نمونه}\label{key}
\msubsection{نمونۀ دیگر}
\msubsubsection{نمونۀ دیگر}
بنا به بخش
\ref{key}
داریم:
\begin{equation}
a^2+b^2=c^2\label{3}
\end{equation}
بنا به
\eqref{3}
\end{document}
خروجی زیر را دارید:
موفق باشید.
