سلام
طبیعتاً باید این اتفاق رخ دهد. شما در تمام صفحات یک کلمه وارد کرده‌اید. ترتیب چیدن نمایه از روی ترتیب الفبایی است و در واقع همگی بر هم منطبق می‌شوند. دستورات اصلاح شده‌ی شما مطابق زیر است که در آنها از بسته‌ی tocbibind با آپشن nottoc برای ایجاد نمایه در فهرست بهره گرفته‌ام و از بسته‌ی hyperref با آپشن‌های متعددی برای مقاصد بیشتری کمک گرفته‌ام.
\documentclass{book}
\usepackage[pagebackref=false,colorlinks,linkcolor=magenta,citecolor=magenta]{hyperref}
\usepackage[nottoc]{tocbibind}
\usepackage{makeidx}
\makeindex
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\begin{document}
\tableofcontents
\newpage
هوای مرطوب
\index{هوای مرطوب}
\newpage
هوای طوفانی
\index{هوای طوفانی}
\newpage
هوای سرد
\index{هوای سرد}
\newpage
هوای خشک
\index{هوای خشک}
\newpage
هوای گرم
\index{هوای گرم}
\printindex
\end{document}
خروجی شما به صورت زیر است:
موفق باشید.
