سلام
به طور پیش‌فرض بخش‌ها در فهرست به صورت شماره دار ظاهر می‌شوند. بدیهی است که شما تا زمانی که فصلی ایجاد نکرده‌اید شماره‌ی آن صفر خواهد بود. برای تغییر این شماره از دستور زیر می‌توانید کمک بگیرید:
\setcounter{section}{1}
دستورات شما مطابق زیر است:
\documentclass[12pt,a4paper]{article}
\usepackage{amsthm,amssymb,amsmath}
\usepackage[top=3.5cm,right=4cm,bottom=3cm,left=2cm]{geometry}
\usepackage[pagebackref=false,colorlinks,linkcolor=blue,citecolor=magenta]{hyperref}
\usepackage{tocbibind}
\usepackage{makeidx}
\makeindex
%%%%%%%%%% Header Setting %%%%%%%%
\usepackage{color}
\usepackage{fancyhdr}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Niloofar}
%%%%%%%%%% Header Setting - Add Title & Page number %%%%%%%%
\pagestyle{fancy}
\fancyhead[OL,ER]{\thepage}
\fancyhead[EL]{{\qquad \color{blue}\thickhrulefill} \qquad \rl{\leftmark}}
\renewcommand{\headrulewidth}{1pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{0pt}
\fancyfoot{}
%%%%%%%% Remove Number in TOC
\makeatletter
\let\latexl@section\l@section
\def\l@section#1#2{\begingroup\let\numberline\@gobble\latexl@section{#1}{#2}\endgroup}
\makeatother
%%%%%%%%
%%%%%%%%
\begin{document}
\pagenumbering{harfi}
\tableofcontents
\newpage
\baselineskip=.75cm
\pagenumbering{arabic}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\newpage
\setcounter{section}{1}
\section*{چکیده}
\addcontentsline{toc}{section}{چکیده}
\markboth{چکیده}{}
متن چکیده ای برای سمینار ...
\newpage
\section*{اهمیت موضوع}
\markboth{اهمیت موضوع}{}
متن اهمیت موضوع ...
%%%% Chapter 1
\newpage
\section*{بخش اول}
\addcontentsline{toc}{section}{بخش اول}
\markboth{بخش اول}{}
متن بخش اول ...
\newpage
\subsection*{مقدمه}
\addcontentsline{toc}{subsection}{مقدمه}
\markboth{مقدمه}{}
متن مقدمه بخش اول ...
\newpage
\subsection{زیر فصل اول برای فصل اول}
متن زیر بخش ...
%%%% Chapter 2
\newpage
\section*{بخش دوم}
\addcontentsline{toc}{section}{بخش دوم}
\markboth{بخش دوم}{}
متن بخش دوم
\subsection{زیر بخش اول برای بخش دوم}
متن زیر فصل ...
\subsubsection{زیر بخش اول برای زیر بخش اول}
متن زیر فصل ...
%%%% Chapter 3
\newpage
\section*{بخش سوم}
\addcontentsline{toc}{section}{بخش سوم}
\markboth{بخش سوم}{}
متن فصل سوم
\subsection{زیر بخش اول برای بخش سوم}
متن زیر فصل ...
\subsubsection{زیر بخش اول برای زیر بخش اول بخش سوم}
متن زیر فصل ...
%%%%%%%%%%%%%%%%% Referrences %%%%%%%%%%%%%%
\newpage
\small
\begin{thebibliography}{99}
\begin{LTRitems}
\resetlatinfont
\bibitem{ref-1}
Madhvi A. Pradhan, Supriya Patankar, Akshay Shinde, Virendra Shivarkar and Prashant Phadatare {\em IoT for Smart City: Improvising Smart Environment} - IEEE 2017, Published in International Conference on Energy, Communication, Data Analytics and Soft Computing (ICECDS-2017)
\end{LTRitems}
\end{thebibliography}
\printindex
\end{document}
خروجی شما با تکلایو 2018 به صورت زیر است:
انشاالله که منظور شما را درست متوجه شده باشم.
موفق باشید.
