شما تعداد زیادی بسته را بعد از بسته xepersian فراخوانی کرده‌اید که اشتباه است. خط
\usepackage{xepersian}
را به بعد از خط ۲۸ منتقل کنید. همچنین به جای بسته perpage و دستور \MakePerPage{footnote} از جایگزین زیر استفاده کنید:
\usepackage{zref-perpage}
\zmakeperpage{footnote}
(خطوط ۲۲ و ۳۳ را غیرفعال کنید.)
تغییرات فوق را در فایل Thesis.tex ایجاد نمایید.
نکته: کلاس xepersian-thesis دیگر پشتیبانی نمی‌شود و پیشنهاد میکنم از قالب مربوط به دانشگاه خودتان استفاده کنید.
