چون متن‌ها را داخل دستور \paragraph نوشته‌اید. این کار اشتباه است و باید بدون استفاده از دستور یا محیط خاصی متن را بنویسید. دستور \paragraph همانند \section، \subsection و... از دستور‌هایی است که برای بخش‌بندی متن به کار می‌رود.
قسمت‌های ابتدایی فایل‌تان را ببینید:
\documentclass[12pt,a4paper]{article}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[margin=0.75in]{geometry}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{csquotes}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[BoldFont=Vazir-Bold.ttf]{Vazir.ttf}
\begin{document}
\pagenumbering{roman}
\title{مقدمه‌ای بسیار کوتاه بر آنالیز غیراستاندارد و اعداد ابرحقیقی}
\author{فاروق کریمی زاده \\ fkz@riseup.net}
\date{\today}
\maketitle
\newpage
\tableofcontents
\newpage
\cleardoublepage
\pagenumbering{arabic}
\section{آنالیز غیراستاندارد چیست؟}
آنالیز غیراستاندارد شاخه‌ای از ریاضیات است و بر خلاف آنالیز استاندارد که با تعاریف اپسیلون-دلتا ساخته شده، با استفاده از اعداد بی‌نهایت کوچک، پیش می‌رود. کارت گودل در مورد آنالیز غیراستاندارد گفته:
\begin{displayquote}
دلایل خوبی وجود دارد که باور کنیم نسخه‌ای از آنالیز غیراستاندارد، آنالیز آینده خواهد بود.
\end{displayquote}
\section{اندکی تاریخچه}
شاید اولین بار در سال ۱۶۲۹ میلادی فرما جهت محاسبه مشتق چند جمله‌ای‌ها اقدام به استفاده از بی‌نهایت کوچک‌ها، اعدادی بی‌نهایت کوچک، نمود. برای مثال جهت محاسبه شیب خط مماس در نقطه $x$ او عددی بسیار کوچک مانند $E$ را در نظر می‌گرفت و با در نظر گرفتن دو نقطه‌ی
$(x,f(x))$
و
$(x + E,f(x+E))$%
، محاسبه تغییرات مقدار تابع بر تغییرات ورودی تابع (تغییرات $y$ ها بر تغییرات $x$ها) و حذف $E$ شیب خط را بدست می‌آورد:
\begin{multline*}
f(x) = x^2 \\
m = \frac{f(x+E) - f(x)}{x+E - x} = \frac{(x+E)^2 - x^2}{E} = \frac{x^2 + E^2 + 2xE - x^2}{E} = \frac{E^2 + 2xE}{E} = 2x + E = 2x
\end{multline*}
نیوتن و لایپنیتس نیز کارهای مشابهی برای محاسبه مشتق انجام می‌دادند. البته این کار‌ها منتقدانی نیز داشت و هنوز هم آنالیز غیراستاندارد منتقدانی دارد و در کل این موضوع و اینکه آنالیز غیراستاندارد بهتر است یا استاندارد، موضوع مورد مناقشه بین ریاضی‌دانان است.
\end{document}
