سلام
اشکالات متعددی در فایل کمینه‌ِی ارسالی شما وجود دارد.
به عنوان مثال از دستور newgeometry استفاده کرده‌اید در صورتی که از قبل بسته‌ی geometry
را در سند قرار نداده‌اید.
به عنوان مثال دیگر ساختارهای زیر در سند شما وجود دارد:
\usepackage{tcolorbox}
\usepackage[many]{tcolorbox}
\usepackage[skins,theorems]{tcolorbox}
که یک بسته را چند بار و با آپشن‌های متفاوت به کار برده‌اید که خطا دریافت می‌کنید. و ...
اما تعریف محیط معادله‌ی myequation ایرادی ندارد و فقط یک جابجایی کوچک مطابق زیر نیاز دارد:
\newcounter{defcounter}
\setcounter{defcounter}{0}
\newenvironment{myequation}{%
\addtocounter{equation}{-1}
\refstepcounter{defcounter}
\renewcommand\theequation{\thedefcounter\lr{A}}
\begin{equation}}
{\end{equation}}
با این ترتیب کدهای شما به صورت زیر است:
\documentclass[a4paper,12pt]{report}
%\usepackage{xcolor}
\usepackage{amsmath}
\usepackage[colorlinks]{hyperref}
\usepackage{subfigure}
\usepackage{bm}
\usepackage{amsbsy}
\usepackage[table]{xcolor}
\usepackage{geometry}
\usepackage{tabu}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{tabularx,booktabs,caption}
% \usepackage{tcolorbox}
\usepackage[many]{tcolorbox}
%\usepackage[skins,theorems]{tcolorbox}
\usepackage{algorithm}
\usepackage{algpseudocode}
\usepackage{multicol, latexsym, amsmath, amssymb}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{booktabs,lipsum}
\usepackage{float}
\usepackage{xpatch}
\usepackage{pgf,tikz}
\usepackage{mathrsfs}
\usetikzlibrary{arrows}
\usepackage{comment}
\usepackage{multirow}
\usepackage{cite}
\usepackage{calc}%
\usepackage{array}
\usepackage{mathtools}
%*****************************
\newcounter{defcounter}
\setcounter{defcounter}{0}
\newenvironment{myequation}{%
\addtocounter{equation}{-1}
\refstepcounter{defcounter}
\renewcommand\theequation{\thedefcounter\lr{A}}
\begin{equation}}
{\end{equation}}
\usepackage{blindtext}
\usepackage{xepersian}
%\settextfont{Yas}
\settextfont{B Nazanin}
%******************************
\begin{document}
%*****************************************************************
%% تنظیم مناسب صفحه و فونت برای متن اصلی پایان‌نامه
\newgeometry{left=2cm,right=2.5cm,top=2cm,bottom=2cm,includehead=false,headsep=1cm,footnotesep=.5cm}
%\settextfont{BNazanin}\fontsize{12}{6}\selectfont
\setlatintextfont{Times New Roman}\fontsize{10}{6}
\baselineskip=.8cm
% Moving page number to top right
\pagestyle{myheadings}
%*****************************************************************
% Main chapters
\include{chap1}
\end{document}
خروجی زیر را نیز دریافت می‌کنید:
موفق باشید.
