برای این کار باید تعریف دستور \@seccntformat
رو تغییر بدین و یه دونه \@SepMark
داخلش قرار بدین:
\documentclass[12pt,a4paper]{article}
\usepackage{titlesec}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{B Nazanin}
\setlatintextfont{Times New Roman}
\SepMark{-}
\makeatletter
\def\@seccntformat#1{\csname the#1\endcsname\@SepMark\quad}
\makeatother
\begin{document}
\section{مقدمه}
\end{document}