به جای دستور \tableofcontents این کدها رو قرار بدید:
\pagestyle{plain}
\tableofcontents
\cleardoublepage % or \clearpage
\pagestyle{fancy}
دستور \pagestyle{plain} رو در هر جایی که بذارید، از اونجا به بعد، سربرگ تمام صفحات رو حذف می‌کنه و شماره صفحه رو به پایین و وسط صفحه منتقل می‌کنه. حالا از هر جایی که می‌خواید سربرگ‌های سفارشی خودتون رو داشته باشید، کافیه دستور \pagestyle{fancy} رو قرار بدید. کد کامل رو در زیر می‌تونید ببینید:
\documentclass{book}
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\fancyhf{}
\fancyhead[LO,RE]{\thepage}
\fancyhead[RO,LE]{}
\fancyfoot[C]{}
\begin{document}
\baselineskip=4cm% فقط برای زیاد کردن فاصله خطوط و طولانی شدن فهرست مطالب
\pagestyle{plain}
\tableofcontents
\cleardoublepage % یا \clearpage
\pagestyle{fancy}
\chapter{پیش‌گفتار}
\section{مقدمه}
\subsection{تست یک}
\subsection{تست دو}
\chapter{فصل آزمایشی}
\section{تست سه}
\chapter{پیش‌گفتار}
\section{مقدمه}
\subsection{تست یک}
\subsection{تست دو}
\chapter{فصل آزمایشی}
\section{تست سه}
\end{document}
