سلام
فایل back خط ۱ اینه
\begin{thebibliography}{5}
\addcontentsline{toc}{chapterstar}{مراجع}	
\baselineskip=6mm
\begin{LTRbibitems}
\resetlatinfont	
 [{\rm [1]}] 
تبدیل کنین به
\begin{thebibliography}{5}
\addcontentsline{toc}{chapterstar}{مراجع}	
\baselineskip=6mm
\begin{LTRbibitems}
\resetlatinfont	
\bibitem{1}
همچنین ایتم ۲، ۳ و ... رو هم با \bibitem بنویسین.
خط ۴ این هست
\begine{LTRbibitems}
تبدیل کنین به 
\begin{LTRbibitems}
خط ۲۹ اینه
\notation{$\idmap_X$}:{$}{{\pageref{notidmapx}}
تبدیل کنین به
\notation{$\idmap_X$}:{}{\pageref{notidmapx}}
با انجام این کارها و رفع خطاها، دیگه خروجی مشکل نداره.
فایل تصحیح شده با نام new.zip ضمیمه پرسشتون شد.
برای نمایه و واژهنامه میتونین از ابزارهای پیشرفته لاتک استفاده کنین و از این دستوراتی که در قالب تعریف شده استفاده نکینن. 
موفقتر باشین.