دستور \label{...} رو حذف کنین:
\documentclass[a4paper,11pt,aleqn]{article}
\usepackage{amsmath, mathtools}
\usepackage[framemethod=TikZ]{mdframed}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1]{XB Niloofar}
\setlatintextfont[Scale=1]{XB Niloofar}
\setdigitfont[Scale=0.85]{Yas}
%Lemma
\newcounter{example}[section] \setcounter{example}{0}
\renewcommand{\theexample}{\arabic{example}.\arabic{section}}
\newenvironment{example}[2][]{%
\refstepcounter{example}%
\ifstrempty{#1}%
{\mdfsetup{%
frametitle={%
\tikz[baseline=(current bounding box.east),outer sep=0pt]
\node[anchor=east,rectangle,fill=red!20]
{\strut \theexample~{مثال}};}}
}%
{\mdfsetup{%
frametitle={%
\tikz[baseline=(current bounding box.east),outer sep=0pt]
\node[anchor=east,rectangle,fill=blue!20]
{\strut
~#1
:\theexample
~مثال
};}}%
}%
\mdfsetup{innertopmargin=5pt,roundcorner=10pt,backgroundcolor=gray!10,linecolor=green!20,linewidth=2pt,topline=true, frametitleaboveskip=\dimexpr-\ht\strutbox\relax
}
\begin{mdframed}[]\relax%
#2}{\end{mdframed}}
\title{\textbf{روشهای جبرانسازی}}
\date{}
\author{نویسنده }
\begin{document}
\maketitle
\section{تبدیلات ریاضی
}
تبدیل فوریه یک تبدیل از زمان به فرکانس است.
\begin{example}[فوریه]
برای محاسبه تبدیل فوریه .....
\end{example}
\end{document}
