سلام
در مرحلۀ اول همونطور که گفتم میبایست خطاها رو رفع کنین.
تو فایلی که فرستادین دو تا خطا بود:
فایل chapter3 خط 562، محیط شکل رو با \begin{figure} باز کردین ولی فراموش کردین با \end{figure} ببندین.
در فایل references تو وسطای محتوای \bibitem{25} یه آکلاد باز شده که بسته نشده! اینجا:
low-energy neutron{deuteron scattering
اینا رو که رفع کردین فایلتون بدون خطا اجرا میشه.
شما تو فایل chapter3 خط 167 فرمول (شماره ۱۸) خارج از محیط ریاضی از دستور \nonumber استفاده کردین که باعث بههمریختن شمارهها میشه؛ اونو اگه پاک کنین درست میشه همهچی.
ای کاش فرمولها رو با محیط eqnarray نمینوشتین! این روش تقریباً منسوخ شده.