سلام
مشکل از استفادهٔ همزمان بسته‌های hyperref و apacite نیست؛ مشکل برمی‌گرده به نحوهٔ عملکرد بستهٔ (x)color (برای اطلاعات بیشتر: این و این لینک رو ببینین). برای رفعش بایستی از بستهٔ xecolor برای رنگ‌کردن استفاده کنین.
در بستهٔ hyperref، از دستور \color برای رنگ‌کردن استفاده میشه. می‌تونیم اون رو تغییر بدیم به \xecolor با این کدها:
\makeatletter
\def\HyColor@@@UseColor[#1]#2\@nil{%
\xecolor[{#1}]{#2}%
}
\def\HyColor@@@@UseColor#1\@nil{%
\xecolor{#1}%
}
\makeatother
بعد از تغییر، در قسمت مراجع، رنگ‌ها رو از دست می‌دیم! پس درست قبل از ایجاد مراجع، تعریف اولیه رو اعمال می‌کنیم.
کد کامل:
\documentclass[a4paper,12pt]{report}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{xecolor} % <--- added
\usepackage[pagebackref=false,colorlinks,linkcolor=blue,citecolor=magenta]{hyperref}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{siunitx}
\sisetup{group-separator = {,}}
\usepackage{array}
\usepackage{caption}
\usepackage{apacite}
\usepackage{supertabular}
\usepackage{hhline}
\usepackage{mdframed}
\usepackage{tocbibind}
\usepackage[Kashida]{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{B Nazanin}
%%%%%%%%%% SOLVING CODES FOR \setmathdigitfont %%%%%%%%%%%
\ExplSyntaxOn
\cs_set_eq:NN
\etex_iffontchar:D
\tex_iffontchar:D
\cs_undefine:N \c_one
\int_const:Nn \c_one { 1 }
\ExplSyntaxOff
%%%%%%%%%%% SOLVING CODES FOR \setmathdigitfont %%%%%%%%%%%
\setmathdigitfont{XB Yas}
\settextdigitfont{XB Yas}
\linespread{1.2}
\setlength{\parskip}{0.15cm}
%%%%%%%%%%%% added %%%%%%%%%%%%
\makeatletter
\def\HyColor@@@UseColor[#1]#2\@nil{%
\xecolor[{#1}]{#2}%
}
\def\HyColor@@@@UseColor#1\@nil{%
\xecolor{#1}%
}
\makeatother
%%%%%%%%%%%% added %%%%%%%%%%%%
\begin{document}
\tableofcontents
\newpage
\section{مقدمه}
است، پتانسیل بسیار خوبی را برای بهبود اطلاعات در شرایط اضطراری و مدیریت بحران دارد \lr{\cite{rathore2017}}. همچنین اینکه استفاده از شبکه‌های اجتماعی مانند توییتر به هنگام وقوع بحران‌ها و در شرایط اضطراری می‌تواند فرصت‌های بدیعی جهت آگاهی‌بخشی و برانگیختن عموم را در اختیار گذارد که در شیوه‌های سنتی رایج وجود نداشته است \lr{\cite{lachlan2016}}. علاوه بر ظرفیت‌های بیان شده، با توجه به تنوع گسترده محتوای منتشر شده در توییتر، این پلتفرم شبکه اجتماعی به منبع مهمی از داده برای تشخیص شیوع بیماری‌ها و درک نگرش‌ها و رفتارهای عموم مردم به هنگام وقوع بحران‌ها نیز تبدیل شده است\lr{\cite{garcia2021}}. شیوع بیماری کرونا در سطح جهانی (همه‌گیری) از ابتدای سال 2020، پیامدهای ناشی از آن و تبدیل شدن این بحران به اصلی‌ترین چالش پیش روی دولتها، یکی از بارزترین مصادیق این حوزه است، به طوری که همواره سهم قابل توجهی از محتوای منتشر شده توسط نهادهای رسمی، مقامات دولتها، مسئولین حوزه سلامت عمومی، متخصصین و کاربران عادی در توییتر را به خود اختصاص داده است. این محتواها حاوی اطلاعات ارزشمندی است که می‌تواند از زوایای گوناگون مورد مطالعه و بررسی قرار گیرد، اطلاعاتی که به منظور مقابله موثر با بحران کرونا و مدیریت تبعات متعدد آن بسیار کاربردی و ضروری خواهد بود.
\section{بیان مساله}
\section{ضرورت پژوهش}
\section{تشریح و بیان موضوع}
\subsection{ادبیات پژوهش}
\subsection{پیشینه پژوهش}
\section{روش‌شناسی}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% CODES FOR APA STYLE %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\setLTRbibitems
\makeatletter
\bidi@AtBeginEnvironment{thebibliography}{\renewcommand{\bibname}{کتاب‌نامه}
\latinfont}
%%%%%%%%%%%% added %%%%%%%%%%%%
\def\HyColor@@@UseColor[#1]#2\@nil{%
\color[{#1}]{#2}%
}
\def\HyColor@@@@UseColor#1\@nil{%
\color{#1}%
}
%%%%%%%%%%%% added %%%%%%%%%%%%
\makeatother
\bibliographystyle{apacite}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% CODES FOR APA STYLE %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\bibliography{MinimumExample01}
\end{document}
