سلام
در نسخههای جدید مشکلی نداره و کار میکنن.
با
fontsizescale=1.6,
فونت متن پارسی / فارسی ر. ۶۰ درصد بزرگتر کردین.
و با
mathfontsizescale=.8
فونت ریاضی رو ۴۰ درصد کمتر کردین.
میشه گفت فونت ریاضی نصف متن پارسی/فارسی هست با این فرض که فونت هر دو یک ضریب و اندازه داشته باشن.
با این فایل LaTeX خروجی عکس بعدی رو گرفتم مشکلی نداره.
\documentclass[10pt]{article}
\usepackage{lmodern}
\usepackage[%
fontsizescale=1.6,%
latinfontsizescale=1.6,%
mathfontsizescale=1.6%
]{xepersian}
\settextfont{Yas}
\begin{document}
متن فارسی $12\int\sin x y^2_e\sum_{i=1}^n$ متن انگلیسی \lr{latin}
$$12\int\sin x y^2_e\sum_{i=1}^n \quad 2_2^2$$
دوباره متن فارسی
\end{document}

این تغییر اندازه فونت لاتین به نظرم هدف شما بوده.
چون در حدود دو دهه پیش، فونتهای فارسی/پارسی از فونتهای لاتین در خورجی ظاهر بزرگتری داشتن.
مثلا فونت اندازه ۱۲ فارسی/پارسی معادل فونت ۱۴ لاتین بود.
اون موقع این کارها لازم بود بیشتر نه الان.
به نظرم فونت استاداردتر مثل IRXLotus یا فونت سری IR و XB و .... استفاده کنین، این تغییر اندازه/ضریب فونت اکثرا لازم نیست.
موفقتر باشین
(بیزحمت، در صورت حل سوال، تیک سبز کنار پاسخ را بزنین تا از لیست پرسشهای بدون پاسخ سایت خارج بشه. ممنون)