برای استفاده از زی‌پرشین، نباید از بسته‌های inputenc و babel استفاده کنید. کافیست فقط بسته xepersian رو با یک فونت فارسی فراخوانی کنید. به دو خطی که با علامت % مشخصش کردم، دقت کنید:
\documentclass[10pt,a4paper]{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amsfonts}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{makeidx}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{xepersian}%
\settextfont{XB Niloofar}%
\author{مجید}
\title{کمینه}
\begin{document}
\maketitle
سلام
\end{document}
فراموش نکنید که زی‌پرشین باید آخرین بسته‌ای باشه که فراخوانی می‌شه. همچنین برای چاپ عنوان و نویسنده مقاله، باید دستور \maketitle رو بعد از دستور \begin{document} فراخوانی می‌کردید که من قرارش دادم.
