باسلام
این مورد ظاهرا به خاطر این است که شما کامپایل درست را انجام نمی دهید. شما باید دستور
xindy -L persian-variant1 -C utf8 -M numeric-sort -M latex -M latex-loc-fmts -M texindy %.idx
را اجرا کنید. به عنوان مثال اگر از Texstudio استفاده میکنید، از منوی option گزینه configure texstudio را انتخاب کنید و از آن جا در قسمت Build خط مورد نظر را در بخش User command اضافه کنید.

به عنوان مثالی از وارد کردن نمایه کد زیر را در نظر بگیرید:
\documentclass{report}
\usepackage{makeidx}
\makeindex
\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Niloofar}
\begin{document}
\index{سلام}
\index{شبکه}
این یک مثال است.
\printindex
\end{document}
سپس یک بار compile کنید سپس به منوی tools و قسمت users بروید، دستوری که تعریف کردید در آن جا قرار دارد بر روی آن کلیک کنید،

بعد از اجرا یک بار دیگر compile کنید، آن گاه خروجی به صورت زیر خواهد شد.
