باسلام
این طوری که از سوال شما پیدا است، در پایان نامه شما از کلاس report استفاده شده است.
دقت کنید که LaTeX تعدادی کلاس استاندارد به مانند report، article و book دارد که شما نباید آن ها را تغییر دهید. شما اگر بخواهید تغییرات مد نظر خود را انجام دهید، می‌توانید بین \documentclass تا قبل از \begin{document} تغییرات خود را بنویسید. این طوری شما ویژگی‌های کلاس report را به ارث بردید و تغییرات مدنظر خود را نیز بر روی آن اعمال نمودید.
مثلا فرض کنید که من می خواهم ویژگی حاشیه در کلاس book را تغییر دهم. نیازی نیست بروید فایل cls کلاس book را تغییر دهید، خیلی ساده می‌توانید:
\documentclass{book}
\usepackage[top=1cm,right=2cm,left=2cm]{geometry}
\begin{document}
This is as Example.
\end{document}
حال اگر شما واقعا یک کلاس داشته باشید که دوستتان آن را نوشته است مثل کلاس mystyle :
mystyle
\documentclass{mystyle}
اکنون شما برای تغییر استایل دو راه دارید، یا فایل mystyle را دستکاری کنید و یا باز به مانند روش قبلی عمل کنید.
نکته: مطالب ابتدایی پیوند LaTeX/Document Structure را مطالعه کنید.
نکته: در کل برای ایجاد یک فایل کلاس کافی است که یک فایل با پسوند .cls تولید کنید و خوط زیر را در ابتدای آن وارد کنید.
\ProvidesClass{mystyle}
\DeclareOption*{\PassOptionToClass{\CurrentOption}{report}}
\ProcessOptions\relax
\LoadClass{report}
که در کد بالا به جای report می‌توانید از کلاس های دیگر نیز استفاده کنید. مثلا می‌توانید حتی کلاس دوست خود به نام mystyle را فراخوانی کنید و ضمن به ارث بردن ویژگی‌ها آن یک کلاس مختص خود بنویسید.
در گام بعدی هر تغییری می‌خواهید می‌توانید کد آن را در فایل استایل وارد کنید. مثلا من می خواهم همان حاشیه را عوض کنم، این طوری عمل می کنم.
\ProvidesClass{mystyle}
\DeclareOption*{\PassOptionToClass{\CurrentOption}{report}}
\ProcessOptions\relax
\LoadClass{report}
\usepackage[top=1cm,right=2cm,left=2cm]{geometry}
اگر فرض کنیم که فایل خود را stylerep.cls نامگذاری کردید. اکنون برای استفاده از آن کافی است در فایل TeX اصلی خود آن را فراخوانی کنید، یعنی:
\documentclass{stylerep}
\begin{document}
This is as Example.
\end{document}
