قسمت مراجع و پیوست در main را با کد زیر جایگزین کنید:
% مراجع
\fancyhf[REH,LOH]{مراجع}
\fancyhf[ROH,LEH]{}
{
\onehalfspacing
\bibliographystyle{acm-fa}%{chicago-fa}%{plainnat-fa}%
\bibliography{MyReferences}
}
\fancyhead[REH,LOH]{\leftmark}
\renewcommand{\chaptermark}[1]{%
\markboth{\thechapter.\ #1}{}}
\appendix %فصلهای پس از این قسمت به عنوان ضمیمه خواهند آمد.
به نظرم نیازی نیست که برای پیوستها هم عنوان بخش در یالای صفحه بیاید و بیخود شلوغ شود.
اگر به نظرتان مناسب است تا این تغییر را در نسخه بعدی استیل علم و صمعت اعمال نمایم.