پاسخ سوال اول شما.
\setlength{\bibsep}{0.0pt}
دستوری از بسته natbib هست که شما توی فایلتون فراخوانی کردهاین.
ضمنا بسته xepersian باید آخرین بستهای باشه که فراخوانی کردهاین. البته قبل bidiftnxtra باید باشه.
فایلتون یک ایرادی داره.
دستور
\usepackage[nottoc]{tocbibind}
را به قبل
\usepackage{xepersian}
انتقال بدین.
سوالهای دیگه را در پرسشهای جدا بپرسین بیزحمت.
