سؤال شما کاملا به نظر دانشگاهی که در اونجا درس می‌خونید بستگی داره. در این مورد هیچ بهتری وجود ندارد.
معمولا شماره صفحات از ابتدای پایان نامه‌های دو رو، تا ابتدای فصل اول به صورت حرفی هستند و در وسط و پایین صفحه قرار می گیرند. از ابتدای فصل اول تا انتها هم به شکل عددی هستند. اگر دوست داشته باشید پایان نامه شما هدر داشته باشد، معمولا شماره صفحات فرد به غیر از صفحه ابتدایی فصول در بالا و سمت چپ قرار می‌گیرند و عنوان فصل در بالا و سمت راست. در صفحات زوج نیز شماره صفحات در بالای صفحه و سمت راست قرار می‌گیرد و عنوان بخش در بالا و سمت چپ.
برای دیدن نحوه آماده ساری هدر و جای شماره صفحات راهنمای بسته fancyhdr را ببینید.
به عنوان مثال کد زیر را ببینید:
\documentclass[twoside]{report}
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage{ptext}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Niloofar}
\fancyhead[OL,ER]{\thepage}
\fancyhead[OR]{\small\rightmark}
\fancyhead[EL]{\small\leftmark}
\renewcommand{\chaptermark}[1]{%
\markboth{\thechapter.\ #1}{}}
\begin{document}
\pagenumbering{alph}
\pagestyle{plain}
\chapter*{مقدمه}
\tableofcontents
\chapter{عنوان فصل اول}
\pagestyle{fancy}
\pagenumbering{arabic}
\section{نام یک بخش}
\ptext[1-10]
\section{نام بخش دیگر}
\ptext[1-10]
\end{document}
در این کد از بسته fancyhdr استفاده شده است. در خط ۶ دستور fancyhead به معنای عبارت بالای هدر است و OL به معنای چپ و صفحات فرد و ER به معنای راست و صفحات زوج است که thepage یا شماره صفحه قرار می‌گیرد. بقیه موارد به همین شکل هستند و در راهنمای بسته آمده‌اند.
