زیپرشین نیازی به بسته polyglossia
نداره؛ پس این بسته و دستور \setmainlanguage{farsi}
رو باید حذف کنید:
\documentclass[11pt, a4paper, notitlepage]{article}
\usepackage[top=2.5cm,right=1.5cm,left=1.5cm]{geometry} % margins
\usepackage{multicol} % for text in multiple columns
%\usepackage{polyglossia}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
%\setmainlanguage{farsi}
%\setotherlanguage{english}
\begin{document}
% \noindent
\begin{multicols}{2}
\section{اولین عنوان}
اولین مرجع \cite{geng2013mission}
\bibliographystyle{ieeetr-fa}
\bibliography{Reference}
\end{multicols}
\end{document}