سلام
فایل نمونه ضمیمه میکردین، دقیقتر میشد جواب داد.
برای ۳تایی (همراه شماره subsection) شدن شماره لمها و ...
شما دستوری شبیه این دارین:
\newtheorem{lemma}{لم}[section]
باید تبدیل بشه به:
\newtheorem{lemma}{لم}[subsection]
و احتمالا قضیه و ... هم دارین. برای اینکه اونم شمارهگذاری بهش و شمارهگذاریشان در ادامه لمها باشه باید دستور زیر رابذارین.
\newtheorem{theorem}[lemma]{قضیه}
اگه میخایین در ادامه لمها نباشه:
\newtheorem{theorem}{قضیه}[subsection]