دستور \marginpar{}
میتواند بکمکتان آید.
\documentclass{article}
\usepackage{ptext}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\begin{document}
با سلام \marginpar{این یک متن در حاشیه است.} \ptext
\end{document}

پینوشت: پیشنهاد میشود نگاهی هم به بسته todonotes
بیندازید شاید بکارتان آید.