سلام،
به دو شیوه میشه این کار را انجام داد.
اول این‌که با دستور defpersianfont و deflatinfont از اول یک قلم رنگی جدید تعریف کنید و هر جا که نیاز داشتید، قلم را تغییر دهید. دوم استفاده از دستور textcolor است که در داخل خود متن، با آن می‌توانید رنگ قلم فعلی را تغییر دهید.
راحت‌ترین روش هم برای تعیین رنگ، استفاده از بسته‌ی xcolor است.
\documentclass[a4paper,12pt]{article}
\usepackage{xcolor}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Niloofar}
\setlatintextfont{Times New Roman}
\defpersianfont\RedNazanin[Color=red]{B Nazanin}
\begin{document}
این یک متن آزمایشی معمولی است.
{
\RedNazanin
این یک متن آزمایشی با قلم قرمز است.
}
\textcolor{blue}{این یک متن آزمایشی آبی با دستور \lr{textcolor} است.}
\end{document}
خروجی کد بالا به صورت زیر است:
