از بسته footmisc استفاده نکن. بسته bidi خود گزینهای به نام extrafootnotefeatures برای این کار دارد:
\documentclass{article}
\usepackage[extrafootnotefeatures]{xepersian}
\settextfont{Yas}
\paragraphfootnotes
\begin{document}
\LTRfootnote{Lagrangian mixing}\LTRfootnote{Jerky function}
\end{document}
برای اطلاعات بیشتر راهنمای بسته bidi را نگاه کن.
