وقتی از گزینه explicit استفاده می‌کنید، باید توی دستور \titleformat به طور ضمنی مشخص کنید که عنوان رو می‌خواید چاپ کنید. کد زیر رو ببینید:
\documentclass[11pt,fleqn,explicit]{biditufte-book}
% add numbers to chapters, sections, subsections
\setcounter{secnumdepth}{2}
\usepackage{ptext}
\usepackage{tikz}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Zar}
%----------------------------------------------------------------------------------------
% SECTION STYLING
%----------------------------------------------------------------------------------------
\newlength\outermargin
\newlength\innermargin
\setlength{\innermargin}{1in}
\setlength{\outermargin}{\dimexpr\paperwidth-\textwidth-\innermargin\relax}
\titleformat{\section}%
{\normalfont\Large\color{purple}\setlength\fboxrule{0.8pt}}% format applied to label+text
{\llap{\colorbox{red}{\makebox[\outermargin][l]{\raisebox{0pt}[\dimexpr\height+\fboxrule][\dimexpr\depth+\fboxrule]%
{\vphantom{lp}\color{white}\bfseries\thesection\enspace}}}}}% label
{0pt}% horizontal separation between label and title body
{\rlap{\hspace{-\fboxrule}\framebox[\dimexpr\linewidth + 2\fboxrule\relax][l]{\vphantom{lp}}\colorbox{orange}{\makebox[\outermargin][l]{\raisebox{0pt}[\dimexpr\height+\fboxrule][\dimexpr\depth+\fboxrule]%
{\vphantom{lp}}}}}\enspace#1}% before the title body
[]
\begin{document}
\chapter{فصل}
\section{مقدمه}
\ptext[4]
\subsection{معرفنامه}
\ptext[1-10]
\chapter{فصل بعدی}
\section{قسمت آخر}
\ptext
\end{document}
به خط
{\vphantom{lp}}}}}\enspace#1}
دقت کنید که من یه #1 بهش اضافه کردم. با این کار عنوان قسمت‌ها ظاهر می‌شه. برای زیرقسمت‌ها و فصل‌ها هم باید این کار رو انجام بدید.
