برای رفع مشکل خط تیره بین مراجع به جای فونت B Nazanin از IRNazanin استفاده کنید. البته به دلیل اشکالی در این فونت، متن بعد از عناوین در ادامه عنوان نوشته می‌شود. یک راه برای رفع این اشکال استفاده از بسته titlesec است.
\usepackage{titlesec}
برای توضیحات دقیقتر به این پرسش رجوع کنید.
پی‌نوشت: فونت IRNazanin ایرانیک (معادل ایتالیک برای فارسی) را هم پشتیبانی می‌کند.
