سلام
تغییراتی در کدهای شما به صورت زیر انجام شد:
\documentclass[a4paper,12pt]{report}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amsfonts}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{amssymb,epsf}
\usepackage{float}
\usepackage{latexsym}
\usepackage{subcaption}
\usepackage{epstopdf}
\usepackage{tabularx}
\usepackage{graphicx,epsfig} % inserting images
\usepackage[top=3cm,right=4cm,bottom=3cm,left=3cm]{geometry}
\usepackage{titlesec}
\usepackage{rotating}
\usepackage{threeparttable}
%\usepackage{fancyhdr}
\usepackage[numbers,sort&compress]{natbib}
\usepackage[pagebackref=false,colorlinks,linkcolor=blue,citecolor=magenta]{hyperref}
\usepackage{xepersian}
\defpersianfont\nastaliq[Scale=1.1]{XB Zar}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Zar}%Zar}
\setdigitfont{Yas}
\renewcommand\bibname{منابع}
\makeatletter
\bidi@patchcmd{\@harfi}{آ}{الف}
{\typeout{Succeeded in changing `آ` into `الف`}}
{\typeout{Failed in changing `آ` into `الف`}}
\makeatother
\flushbottom
% ------------------------------------
\makeatletter
\renewcommand*\l@chapter[2]{%
\ifnum \c@tocdepth >\m@ne
\addpenalty{-\@highpenalty}%
\vskip 1.0em \@plus\p@
\setlength\@tempdima{4.6em}%
\begingroup
\parindent \z@ \if@RTL\leftskip\else\rightskip\fi \@pnumwidth
\parfillskip -\@pnumwidth
\leavevmode \bfseries
\advance\if@RTL\rightskip\else\leftskip\fi\@tempdima
\hskip -\if@RTL\rightskip\else\leftskip\fi
#1\nobreak\leaders\hbox{$\m@th
\mkern \@dotsep mu\hbox{.}\mkern \@dotsep
mu$}\hfill \nobreak\hb@xt@\@pnumwidth{\hss #2}\par
\penalty\@highpenalty
\endgroup
\fi}
\renewcommand\tableofcontents{%
\if@twocolumn
\@restonecoltrue\onecolumn
\else
\@restonecolfalse
\fi
\centerline{\huge\bfseries\contentsname
\@mkboth{%
\MakeUppercase\contentsname}{\MakeUppercase\contentsname}}%
\vskip 40\p@
\@starttoc{toc}%
\if@restonecol\twocolumn\fi
}
\renewcommand{\@starttoc}[1]{%
\hboxR to \textwidth{عنوان \hfill صفحه}
\begingroup
\makeatletter
\@input{\jobname.#1}%
\if@filesw
\expandafter\newwrite\csname tf@#1\endcsname
\immediate\openout \csname tf@#1\endcsname \jobname.#1\relax
\fi
\@nobreakfalse
\endgroup}
%----------------------------------------------------
\titleformat{\chapter}[display]
{\normalfont\LARGE\bfseries\centering}{}{20pt}{\LARGE}
\titlespacing{\chapter}{2pc}{1.4 cm}{1 cm}[2pc]
%\titleformat*{\section}{\large\bfseries}
%\titleformat*{\subsection}{\bfseries}
%\include{jeld_info}
\renewcommand{\listfigurename}{فهرست نمودار‌ها}
\renewcommand{\listtablename}{فهرست جدول‌ها}
\makeatletter
\def\@makeLTRfnmark{\hbox{\@textsuperscript{\latinfont\@thefnmark}}}
\renewcommand\@makefntext[1]{%
\parindent 1em%
\noindent
\hb@xt@1.8em{\hss\if@RTL\@makefnmark\else\@makeLTRfnmark\fi}#1}
\makeatother
\begin{document}
\SepMark{-}
%\input{ch0}
\pagenumbering{alph}
%\include{cover_fa}
%\input{ch0}
%\newpage
%\input{besmellah}
%\include{ezharnameh}
%\include{taeid}
\baselineskip 27pt
%\include{taghdim}
%\include{setayesh}
%\include{sepas}
%\baselineskip 32pt
%\include{abstract}
\tableofcontents
\listoftables
\listoffigures
\baselineskip 27pt
\clearpage
\pagenumbering{adadi}
\baselineskip 27pt
\clearpage
\makeatletter
\renewcommand\thechapter{\@arabic\c@chapter}
\makeatother
\baselineskip 27pt
%\include{ref}
\baselineskip 27pt
%\include{abstract_en}
\baselineskip 27pt
%\include{taeid-en-2}\label{key}
\baselineskip 27pt
\clearpage
\pagenumbering{arabic}
\include{chap1}
\include{chap2}
\appendix
\renewcommand{\chaptername}{پیوست}
\renewcommand{\thechapter}{\chaptername~\harfi{chapter}}
\include{app1}
\include{app2}
%\include{cover_en}
\end{document}
توجه کنید که اولین پیوست را به صورت زیر ایجاد کنید:
\addcontentsline{toc}{chapter}{پیوستها}
\chapter{اولین پیوست}
و برای بقیه به صورت زیر باشد:
\chapter{پیوستی دیگر}
خروجی فهرست پیوست‌های شما با نسخه‌های اولیه‌ی تکلایو 2018 به صورت زیر است:
بسته‌ی natbib را هم به اشتباه بعد از زی‌پرشین قرار داده بودید که اصلاح شد. بسته های زیادی نیز در فایل شما بود که مورد نیاز این سند نبود.
موفق باشید.
