محیط center
را غیرفعال کنید و به شکل زیر از دستور \centering
استفاده کنید:
\begin{figure}[!ht]
\centering
\begin{tikzpicture}[>=stealth',shorten >=1pt,auto,node distance=3cm,thick]
\node[state] (A) {$ 3 $};
\node[state](B)[right of=A] {$ 5 $};
\node[state](C)[right of=B] {$ 13 $};
%\node[state](D)[right of=C] {$ 17 $};
%\node[state](E)[right of=D] {$ 17 $};
\path (A) edge (B);
%\path (D) edge (E);
\end{tikzpicture}
\caption{گراف درجه سرشت $L_2(64)$}
\end{figure}