سلام
فایل references.tex را ضمیمه نکرده بودین و من یک فایل با همین نام گذاشتم.
دو تا فایل تصویر pdf هم که برای اجرا نیاز بود هم ضمیمه نکرده بودین و من غیرفعال کردم. البته به مراجع ربط نداشت و در اجرا تاثیر داشت.
در فایل 0_UniversityFormat.tex خط شماره ۱۹۱ به این صورته.
%configuring the format of chapters title
\titleformat{\chapter}[display]
{\normalfont\LARGE\bfseries\centering}
{\chaptername~\words{chapter}}{20pt}{\LARGE}
\titlespacing{\chapter}{2pc}{1.4 cm}{1 cm}[2pc]
%end of configuring the format of chapters title
این را کپی کنید.
در خط شماره ۵۶ فایل با نام mainText دارین:
\renewcommand{\baselinestretch}{1}               
{\pagestyle{plain}				%ignore header for these lines
	\include{references}} 
قبل از خط آخری، یک اینتر بزنید و آن کد که کپی کرده بودین را اینجا paste کنین.
(یعنی دقیقا قبل از خط
 \include{references}}
میشود این:
\renewcommand{\baselinestretch}{1}               
{\pagestyle{plain}				%ignore header for these lines
%configuring the format of chapters title
\titleformat{\chapter}[display]
{\normalfont\LARGE\bfseries\centering}
{\chaptername~\words{chapter}}{20pt}{\LARGE}
\titlespacing{\chapter}{2pc}{1.4 cm}{1 cm}[2pc]
%end of configuring the format of chapters title
	\include{references}} 
باید \centering را حذف کنید، تا عنوان وسطچین نشود.
و عدد 1.4cm را بنویسید 0cm برای صفر کردن فاصله از بالای صفحه.
یعنی کد نهایی به این صورته:
\renewcommand{\baselinestretch}{1}               
{\pagestyle{plain}				%ignore header for these lines
%configuring the format of chapters title
\titleformat{\chapter}[display]
{\normalfont\LARGE\bfseries}
{\chaptername~\words{chapter}}{20pt}{\LARGE}
\titlespacing{\chapter}{2pc}{0cm}{1 cm}[2pc]
%end of configuring the format of chapters title
خروجی فایل شما بدون تصحیحهای بالا:

خروجی بعد تصحیح:

موفقتر باشین