علت دو بار ظاهر شدن Appendix این هست که هنگامی که دستور \appendix رو استفاده میکنید واژه Appendix بخشی از دستور \thesection هست.
\renewcommand\appendix{\par
\setcounter{section}{0}%
\setcounter{subsection}{0}%
\setcounter{equation}{0}
\gdef\thefigure{\@Alph\c@section.\arabic{figure}}%
\gdef\thetable{\@Alph\c@section.\arabic{table}}%
\gdef\thesection{\appendixname~\@Alph\c@section}%
\@addtoreset{equation}{section}%
\gdef\theequation{\@Alph\c@section.\arabic{equation}}%
\addtocontents{toc}{\string\let\string\numberline\string\tmptocnumberline}{}{}
}
تعریف \thesection را ببینید که در آغازش یک \appendixname قرار دارد. این نه تنها ایجا بلکه در فهرست مطالب و احتمالا جاهای دیگر هم مشکل ایجاد میکنه. این تعریف نادرسته. تعریف درست باید به شکل زیر باشه:
\makeatletter
\def\@appendix@seccntformat#1{\appendixname~\csname the#1\endcsname\@seccntDot\hskip 0.5em}
\renewcommand\appendix{\par
\setcounter{section}{0}%
\setcounter{subsection}{0}%
\setcounter{equation}{0}
\gdef\thefigure{\@Alph\c@section.\arabic{figure}}%
\gdef\thetable{\@Alph\c@section.\arabic{table}}%
% \gdef\thesection{\appendixname~\@Alph\c@section}%
\let\@seccntformat\@appendix@seccntformat
\@addtoreset{equation}{section}%
\gdef\theequation{\@Alph\c@section.\arabic{equation}}%
\addtocontents{toc}{\string\let\string\numberline\string\tmptocnumberline}{}{}
}
\makeatother
توجه کنید که این کد رو باید قبل از فراخوانی بسته hyperref قرار بدهید چون بسته hyperref هم دستور \appendix رو patch میکنه. بنابراین فایل کامل بصورت زیر هست.
\documentclass{elsarticle}
\makeatletter
\def\@appendix@seccntformat#1{\appendixname~\csname the#1\endcsname\@seccntDot\hskip 0.5em}
\renewcommand\appendix{\par
\setcounter{section}{0}%
\setcounter{subsection}{0}%
\setcounter{equation}{0}
\gdef\thefigure{\@Alph\c@section.\arabic{figure}}%
\gdef\thetable{\@Alph\c@section.\arabic{table}}%
% \gdef\thesection{\appendixname~\@Alph\c@section}%
\let\@seccntformat\@appendix@seccntformat
\@addtoreset{equation}{section}%
\gdef\theequation{\@Alph\c@section.\arabic{equation}}%
\addtocontents{toc}{\string\let\string\numberline\string\tmptocnumberline}{}{}
}
\makeatother
\usepackage{hyperref}
\hypersetup{colorlinks=true}
\begin{document}
\begin{center}
In the name of God, the most gracious, the most merciful
\end{center}
\section{Section 1}
\label{sec1}
Output of \verb|\ref{sec1}|: \ref{sec1}.
Output of \verb|\autoref{sec1}|: \autoref{sec1}.
\subsection{Subsection 1.1}
\label{subsec1}
Output of \verb|\ref{subsec1}|: \ref{subsec1}.
Output of \verb|\autoref{subsec1}|: \autoref{subsec1}.
\appendix
\section{Appendix 1}
\label{appdx1}
Output of \verb|\ref{appdx1}|: \ref{appdx1}.
Output of \verb|\autoref{appdx1}|: \autoref{appdx1}.
\end{document}

اگر میخواهید دستور \autorefname حرف نخست رو بصورت بزرگ بنویسه کافی دستور \#1autorefname رو تغییر بدهید که #1 اون نامی هست که میخواهید تغییر بدهید. به عنوان نمونه برای تغییر section به Section کافیه دستور \sectionautorefname رو بصورتی که دوست دارید بازتعریف کنید.
\def\sectionautorefname{Section}
این تعریف و تعریفهای مشابه باید پس از فراخوانی بسته hyperref قرار بگیره.