سلام از بسته و دستور xecolor
استفاده کنین:
\documentclass[11pt, a4paper]{book}
\usepackage{ptext}
\usepackage{titlesec}
\usepackage{xecolor}
\usepackage[extrafootnotefeatures]{xepersian}
\settextfont[Scale=1.182]{IRNazanin}
\titleformat*{\section}{\Large\bfseries\xecolor{red}}
\twocolumnfootnotes % غیرفعال کردن پانویس دوستونه مشکل را رفع میکند
\begin{document}
\section{بخش اول}
\ptext[1-6]
این یک\LTRfootnote{Footnote 1} جمله حاوی پاورقی\LTRfootnote{Footnote 2} است.
%\ptext[7-8] % جهت طولانیتر شدن متن و سرریز آن به صفحه بعد
\section{بخش دوم}
\ptext[7]
\end{document}

ویرایش
برای اطلاعات دقیقتر میتونین به این لینک مراجعه کنین.