سلام
روش‌های مختلفی برای این کار هست. هم می‌تونین از بستهٔ adjustbox استفاده کنین و هم اینکه عرض اون جدول رو به‌اندازهٔ عرض متن محدود کنین.
\documentclass[12pt, a4paper,fleqn,xcolor=table]{book}
\usepackage{cite}
\usepackage{tikz}
\usepackage{multicol, multirow}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{amsmath,amsfonts,amssymb,bm,gensymb}
\usepackage[font={small}]{caption}
\usepackage[hidelinks]{hyperref}
\setcounter{secnumdepth}{4}
\usetikzlibrary{shapes.geometric,arrows}
\usepackage[rightcaption]{sidecap}
\usepackage{graphicx,float}
\usepackage{caption,subcaption}
\usepackage{makecell}
\usepackage{adjustbox} % <--- aded
\setlength{\arrayrulewidth}{0.75mm}
\setlength{\tabcolsep}{5pt}
\renewcommand{\arraystretch}{1.5}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Niloofar}
\begin{document}
\begin{table}[h!]
\caption{نقاط انتخاب شده برای نمایش حرکت با شتاب ثابت در این منطقه. نقاط با شتاب منفی در این جدول قرار می گیرند. (واحدِ مقادیر سرعت و شتاب نوشته شده در جدول زیر به ترتیب میلی‌متر بر سال و میلی‌متر بر مجذور سال می‌باشد)}
\label{tab5-4}
\begin{adjustbox}{center} %<--- added
\begin{tabular}{|c|c|c|c|c|c|c|c|}
\hline
\textbf{شماره} & \textbf{موقعیت} & \textbf{کاربری} & \textbf{سرعت} & \textbf{شتاب} & \textbf{طبقه} & \textbf{طول جغرافیایی} & \textbf{عرض جغرافیایی} \\ \hline
1 & میدان قیام & خیابان & 10/65- & 24/59- & شتاب ثابت & $51 \degree 26' 10'' E$ & $35 \degree 40' 10'' N$ \\ \hline
2 & خیابان سعیدی & ورزشی & 4/73- & 2/19- & شتاب ثابت & $51 \degree 27' 0'' E$ & $35 \degree 40' 9'' N$ \\ \hline
\end{tabular}
\end{adjustbox} % <--- added
\end{table}
\begin{table}[h!]
\caption{نقاط انتخاب شده برای نمایش حرکت با شتاب ثابت در این منطقه. نقاط با شتاب منفی در این جدول قرار می گیرند. (واحدِ مقادیر سرعت و شتاب نوشته شده در جدول زیر به ترتیب میلی‌متر بر سال و میلی‌متر بر مجذور سال می‌باشد)}
\label{tab5-4}
\resizebox{\linewidth}{!}{%
\begin{tabular}{|c|c|c|c|c|c|c|c|}
\hline
\textbf{شماره} & \textbf{موقعیت} & \textbf{کاربری} & \textbf{سرعت} & \textbf{شتاب} & \textbf{طبقه} & \textbf{طول جغرافیایی} & \textbf{عرض جغرافیایی} \\ \hline
1 & میدان قیام & خیابان & 10/65- & 24/59- & شتاب ثابت & $51 \degree 26' 10'' E$ & $35 \degree 40' 10'' N$ \\ \hline
2 & خیابان سعیدی & ورزشی & 4/73- & 2/19- & شتاب ثابت & $51 \degree 27' 0'' E$ & $35 \degree 40' 9'' N$ \\ \hline
\end{tabular}%
}
\end{table}
\end{document}
خروجی:
دقت داشته باشین که در روش اول، معیار وسط‌چینی، متن است نه کاغذ که درستش هم همینه؛ یعنی متن و جدول از لحاظ عمودی وسط و زیر هم قرار می‌گیرند.
