سلام
یکی از باگ‌های بستهٔ bidi در حضور tocloft، نچسبیدنِ شمارهٔ صفحه به انتهای سمت چپ فهرست است که گزارش شده و در آینده رفع خواهد شد.
در فایل شما یه سری تنظیمات با دستور \titlecontents... برای فصل نوشته شده و در آنجا شماره صفحه را تا انتها حرکت داده است. مشابه همین کار را هم بایستی برای بخش و زیربخش انجام دهید:
\titlecontents{section}
[3.8em]
{}
{\contentslabel{2.3em}}
{\hspace*{-2.3em}}
{\titlerule*[1pc]{.}\contentspage}
\titlecontents{subsection}
[7em]
{}
{\contentslabel{3.3em}}
{\hspace*{-3.3em}}
{\titlerule*[1pc]{.}\contentspage}
