سلام
فایل شما رو کمینه / کوچکتر کردم که packageهای غیرمرتبط با سوال رو نداشته باشه. فایل شما به این صورته:
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath,amsthm}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}[Scale=1.1]
\setdigitfont{Yas}
\newtheorem{lemma}{لم}
\begin{document}
\begin{lemma}
فرض کنید $ S\ne\emptyset,\phi,\psi,\alpha,\beta,\gamma$ یک تکواره باشد، $A =\langle a_1, a_2,\dots ,a_n\rangle$ و $B =\langle b_1, b_2,\dots , b-n\rangle$.
اگر $f: B\rightarrow A$، یک بروریختی هماساسی باشد، آنگاه $u_i\in S$ چنان موجود است که $g : B^\prime\rightarrow B$ با ضابطه $b_i^\prime s\mapsto b_iu_is$ یکریختی است که در آن $B^\prime =\langle b_1^\prime , b_2^\prime ,\dots , b_n^\prime\rangle$ و $f^\prime: B^\prime\rightarrow A$ با ضابطه $f (b_i^\prime s) = a_is$، $-S$بروریختی هماساسی است.
بهویژه، $.r(b_i^\prime, b^\prime_p)\subseteq r(a_i, a_p)$
\end{lemma}
\end{document}
خروجیش:

راه اول) استفاده از گروهبندی با آکولاد اول و آخر فرمول.
مثلا بهصورت $ { f(x) }$
فایل شما:
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath,amsthm}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}[Scale=1.1]
\setdigitfont{Yas}
\newtheorem{lemma}{لم}
\begin{document}
\begin{lemma}
فرض کنید ${ S\ne\emptyset,\phi,\psi,\alpha,\beta,\gamma}$ یک تکواره باشد، ${A =\langle a_1, a_2,\dots ,a_n\rangle}$ و ${B =\langle b_1, b_2,\dots , b-n\rangle}$.
اگر ${f: B\rightarrow A}$، یک بروریختی هماساسی باشد، آنگاه ${u_i\in S}$ چنان موجود است که ${g : B^{\prime}\rightarrow B}$ با ضابطه ${b_i^{\prime}s\mapsto b_iu_is}$ یکریختی است که در آن ${B^{\prime} =\langle b_1^{\prime} , b_2^{\prime} ,\dots , b_n^{\prime}\rangle}$ و ${f^{\prime}: B^{\prime}\rightarrow A}$ با ضابطه ${f (b_i^{\prime}s) = a_is}$، $-S$بروریختی هماساسی است.
بهویژه، ${.r(b_i^{\prime}, b^{\prime}_p)\subseteq r(a_i, a_p)}$
\end{lemma}
\end{document}
خروجیش:

که میبینین هیچ فرمولی آخر خط نشکسته.
راه دوم) استفاده از خاصیت Kashida
بسته xepersian:
فایل TeX
:
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath,amsthm}
%%% خط زیر آپشن اضافه شد.
\usepackage[Kashida]{xepersian}
\settextfont{Yas}[Scale=1.1]
\setdigitfont{Yas}
\newtheorem{lemma}{لم}
\begin{document}
\begin{lemma}
فرض کنید $ S\ne\emptyset,\phi,\psi,\alpha,\beta,\gamma$ یک تکواره باشد، $A =\langle a_1, a_2,\dots ,a_n\rangle$ و $B =\langle b_1, b_2,\dots , b-n\rangle$.
اگر $f: B\rightarrow A$، یک بروریختی هماساسی باشد، آنگاه $u_i\in S$ چنان موجود است که $g : B^\prime\rightarrow B$ با ضابطه $b_i^\prime s\mapsto b_iu_is$ یکریختی است که در آن $B^\prime =\langle b_1^\prime , b_2^\prime ,\dots , b_n^\prime\rangle$ و $f^\prime: B^\prime\rightarrow A$ با ضابطه $f (b_i^\prime s) = a_is$، $-S$بروریختی هماساسی است.
بهویژه، $.r(b_i^\prime, b^\prime_p)\subseteq r(a_i, a_p)$
\end{lemma}
\end{document}
خروجیش:

چون فونت انتخابیتون خاصیت Kashida
رو پشتیبانی نمیکنه، مشکل در بین حروف پیش اومده.
باید از فونت استاندار استفاده بشه. مثلا فونت IRXLotus
خروجی این فونت:

در کدزنی LaTeX
فایلتون یک ایرادهایی هست که میگم.
- یک بسته رو فقط یک بار فراخوانی کنین. به این علت یک Error درباره بسته
hyperref داشتین.
- در یک جمله فارسی، وقتی آخرش فرمولی هست داخل
$
و بعدش نقطه، نقطهرو شما داخل دالره فرمول گذاشته بودین. این جوری درسته: من فرمول $f(x)$. نه به این صورت: من فرمول $f(x).$
- برای تایپ پریم لازم نیست این طوری B^{\prime} این همه کد بزنین. راحت
B'
- و نوشین: $-S$ بروریختی که خط تیره نباید داخل فرمول باشه. بزنین: $S$ - بروریختی (خط تیره بیرون فرمول بدون فاصله با قبل و بعدش)