مطابق فایل نمونه از \SepMark{-} استفاده کنید.
\documentclass{report}
\usepackage{amsthm}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Zar}
\setdigitfont{XB Zar}
\SepMark{-}
\theoremstyle{theorem}
\newtheorem{nok}{نکته}[section]
\theoremstyle{definition}
\newtheorem{theorem}[nok]{قضیه}
\theoremstyle{definition}
\newtheorem{definition}[nok]{تعریف}
\theoremstyle{definition}
\newtheorem{ex}[nok]{مثال}
\begin{document}
\chapter{}
\section{بخش اوّل}
\begin{definition}
\end{definition}
\begin{theorem}
\end{theorem}
\begin{theorem}
\end{theorem}
\begin{theorem}
\end{theorem}
\begin{ex}
\end{ex}
\section{بخش دوم}
\begin{definition}
\end{definition}
\begin{theorem}
\end{theorem}
\begin{definition}
\end{definition}
\begin{theorem}
\end{theorem}
\end{document}
