با توجه به فایلی که گذاشته‌اید یک فایل کمینه برایتان درست کردم که شاید به کارتان آید.
شما کل سند را به گونه‌ای تنظیم کرده‌اید که دو ستونه باشد که این خود شامل فهرست عناوین و تصاویر نیز خواهد شد؛ راه بهتر این است که چنین نکنید و هر کجا که لازم شد با کمک بسته multicol متن را دو یا چند ستونه کنید؛ برای نمونه به کد زیر نگاهی بیندازید.
\documentclass{article}
\usepackage{multicol}
\usepackage{ptext}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\begin{document}
\tableofcontents
\listoffigures
\section*{چکیده : }
\ptext[1]
\begin{multicols}{2}
\section{مقدمه }
\ptext[2-3]
\section{بخش اول}
\ptext[4-10]
\section{بخش دوم}
\ptext[11-20]
\end{multicols}
\end{document}
