میتونید از دستور \boldmath برای بولد کردن همه فرمولها بعد از این فرمان استفاده کنید. \unboldmath برای برگشتن به حالت اولیه است. 
\documentclass{article}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Niloofar}
\begin{document}
\boldmath
$x=\alpha y+ b^2- c$
\[A= B\cap C  \]
\unboldmath 
$x=\alpha y+ b^2- c$
\[A= B\cap C  \]
\end{document}