اول اینکه زیپرشین یا بیدی همیشه باید آخرین بستهای باشند که بارگذاری میشوند.
ثانیا همانطوری در راهنما گفته شده است بسته `
bidi-longtableباید بعد از
longtable`
بارگذاری شود.

کافی است ابتدای فایل خود را به صورت زیر تغییر دهید:
\documentclass[a4paper, 12pt, twoside, arshad, Kashida]{FThesis}
\usepackage{longtable}
\usepackage{xepersian}
\usepackage{bidi-longtable}
\settextfont{XB Niloofar}
\setlatintextfont{Times New Roman}
\setdigitfont[Scale=1.1]{Parsi Digits}
نکتهای که شما فرمودید در این اجرا نیز جاری است لکن چیزی که متوجه شدم این است که اگر جدول بلند در همان صفحه عنوان فصل باشد این اتفاق برای عنوان خواهد افتاد و در غیر اینصورت درست کار خواهد کرد. برای نمونه کافی است با استفاده از بسته `
ptextدستور
\ptext`
را قبل از جدول قرار دهید --که سبب حروفچینی یک صفحه متن میشود و جدول را به صفحه بعد منتقل میکند-- و سپس نتیجه را مشاهده کنید.
ویرایش
البته اینکه آیا این یک باگ است یا نه را آقای کارنپهلو بهتر میدانند. خوب است از طریق https://github.com/persian-tex/bidi/issues نیز اینرا گزارش کنید --ظاهرا چند روزی است که حضور ایشان در گروه کمتر شده است شاید از این طریق زودتر مطلع شوند--.