برای این کار باید از دستور \SepMark به صورت زیر استفاده کرد:
\documentclass{book}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\SepMark{-}
\begin{document}
\chapter{مقداری متن نمونه}
\section{مقداری متن}
\subsection{مقداری متن دیگر}
\begin{align}
a^2=b^2+c^2
\end{align}
\end{document}
