در ابتدا باید بگویم از بسته subfig استفاده کنید بهتر است تا subfigure
دوما مشکل شما به دلیل کرکترهای نامرئی در متنتان است. من آن را به شکل زیر تصحیح کردم.
\documentclass{article}
\usepackage[demo]{graphicx}
\usepackage{subfigure}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\begin{document}
\begin{figure}%
\centering
\subfigure[طیف یازتابی]{\label{fig:039}\includegraphics[width=.3\textwidth]{039}}
\qquad
\subfigure[طیف عبوری]{\label{fig:040}\includegraphics[width=.3\textwidth]{040}}%
\caption{نمودار عبور ساختار فابري- پرو بر حسب اختلاف فاز براي سه مقدار مختلف ضريب بازتاب}
\label{fig03940}
\end{figure}
\ref{fig03940}
\ref{fig:039}
\ref{fig:040}
\end{document}
با بسته subfig هم کد نمونه به شکل زیر است:
\documentclass{article}
\usepackage[demo]{graphicx}
\usepackage{subfig}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\begin{document}
\begin{figure}
\centering
\subfloat[طیف یازتابی]{\label{fig:039}\includegraphics[width=.3\textwidth]{039}}
\hspace{1cm}%
\subfloat[طیف عبوری]{\label{fig:040}\includegraphics[width=.3\textwidth]{040}}%
\caption{نمودار عبور ساختار فابري- پرو بر حسب اختلاف فاز براي سه مقدار مختلف ضريب بازتاب}\label{fig03940}
\end{figure}
\ref{fig03940}
\ref{fig:039}
\ref{fig:040}
\end{document}