با توجه به توضیحات آقای دکتر امینطوسی و نیز آخرین تغییراتی که بسته بیدی/زیپرشین داشته است بنظر راه زیر برای حالتی که ترکیبی از مراجع فارسی و لاتین وجود دارد چاره ساز باشد.
کافی است مشابه ذیل عمل نمایید:
\makeatletter
\bidi@AtBeginEnvironment{LTRbibitems}{\@nonlatinfalse}
\makeatother
\bibliographystyle{ieeetr-fa-mod}%
\bibliography{MyBibliography}%