من مشکلی نمی‌بینم (نه با تنظیمات شما بلکه با اندازه قلم‌ها). قلم لاتین و قلم ریاضی که بصورت پیش‌فرض با هم همخوانی دارند مگر اینکه شما قلم لاتین را تغییر داده باشید. اگر از قلم Times برای متن لاتین استفاده می‌کنید بهتر است قلم ریاضی را هم Times کنید. برای این کار می‌تونید از بسته stix و یا قلم Math Time Professional استفاده کنید.
\settextfont[Scale=1.4]{XB Zar}
یا
\setlatintextfont[Scale=1.2]{Times New Roman}
تنها اندازه قلم را تغییر می‌دهند اما فاصله خط کرسی را تغییر نمی‌دهند. اگر مقیاس قلم را تغییر می‌دهید حتماً از گزینه computeautoilg بسته xepersian استفاده کنید تا فاصله خط کرسی خودکار محاسبه شود.
