تو فایلی که گذاشتین یک بار گفتین
\pagestyle{fancy}
\cfoot{\thepage}
\lhead{}
که در پایین صفحات شماره صفحه قرار میده. اما چند خط پایینتر دوباره گفتین
\pagestyle{fancy}
\cfoot{}
\lhead{\thepage}
که میگه پایین صفحات هیچی نباشه و شمارهصفحه در بالای صفحات درج بشه و همین اتفاق هم میافته چون این آخرین باری هست که این دستور رو تعریف کردین. بنابراین برای حل مشکل باید یکی از اینها رو در کد خودتون داشته باشین.