سبب این است که در محیط minipage اندازه‌ها ریست می‌شوند به مقادیر پیش‌فرض لاتک.
یک راه این است که به صورت دستی در ابتدای تمامی \minipageهای سندتان اندازه را تنظیم کنید که خیلی کار جالبی نیست. بهتر است که یک هوک بگذارید تا این کار به صورت خودکار انجام شود.
گمانم کد زیر به اندازه زیر گویا باشد.
\documentclass{article}
\usepackage{ptext}
\usepackage{biditools}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\newskip\bls
\bls=.75cm
\makeatletter
\bidi@appto\@setminipage{\baselineskip=\bls}
\makeatother
\begin{document}
\baselineskip=\bls
\ptext[1]
\begin{minipage}[c]{0.6\textwidth}
\ptext[2]
\end{minipage}
\ptext[3]
\end{document}
