سلام
هر جا بنویسین فرقی نمیکنه.
برای استفاده ازش باید بسته زیپرشین را با Option با نام extrafootnotefeatures فراخوانی کنین.
یعنی بصورت زیر:
\usepackage[extrafootnotefeatures]{xepersian}
پیشنهادمه راهنمای لاتک و زیپرشین را یک بار بخونین. برای کیفیت و سرعت کارتون خوبه.
موفق باشین